中国医疗大数据行业也迎来了大量行业规范和政策意见的发布利好。事实上，国内的医疗大数据产业正处于快速建设阶段，医疗信息化市场规模逐年递增，项目建设成果陆续落地，大量资本及企业参与者涌入市场，并随着行业的逐步壮大和渗透，显著推动了国内包括医药研发、公共卫生监测、个人健康管理、医学诊断诊疗等多个领域的生产前进步伐，被认为已进入初步利好期。然而，相较其他获得互联网技术助推的行业而言，中国医疗大数据产业的整体建设速度仍略显乏力。
国家正依托电子政务外网和统一数据共享交换平台，全面建设互通共享的公共卫生、计划生育、医疗服务、药品供应、综合管理等应用信息系统。健康医疗海量数据存储清洗、分析挖掘、安全隐私保护等关键技术的攻关，将促进健康医疗业务与大数据技术深度融合，加快健康医疗与养生、养老、家政等服务业协同发展。基于信息技术、互联网技术、大数据技术等技术升级，大健康领域产业宏观闭环发生了变化。“健康管理及医疗服务+健康医疗大数据+社保和商保”的宏观闭环已经形成。
医疗卫生基础数据库中最基本和最重要的是医院的电子病历数据库和居民电子健康档案数据库。区域医疗信息平台以居民电子健康档案为核心，居民健康档案数据库由电子病历和公共卫生信息组成，最为核心的还是电子病历的数据。居民健康档案包含个人基本信息、主要医院和健康问题摘要、以及主要卫生服务记录，实现全民健康数据的存储和医疗机构之间数据的交换和流通。
从数据的来源和产出环节来看，医院及诊所等医疗机构每日产生海量的医疗数据，是原始数据最主要的产出方，但由于传统观念难以打破以及长久以来缺乏法律法规的制约和市场的激励机制等多种因素，大量数据沉冗于医疗机构难以“归并入库”。首先是医疗机构复杂医疗信息系统，一直以来，国内医疗机构信息化系统的开发成本高昂，并且各家医院系统相互独立，接口不同，标准不同，行业内有用“蜂窝煤”一词来形容各家医疗机构的数据难以互通，共享困难等特征。
在各大互联网健康医疗行业从业者以互联网医院建设作为完成商业闭环的重要契机的同时，随着互联网诊疗的合规化，这一领域的安全监管逐渐走向体系化。现阶段的监管主要包括对互联网诊疗行为实施线上线下一致化的医疗质量监管，对互联网诊疗全程留痕的监管平台数据接入，对医生身份、电子处方真实性进行电子签名的认证管理，对互联网诊疗平台网络安全性进行管理的安全监督平台，以及对用户隐私和数据安全进行保护的监管。总体上，这些功能大部分会集成在各地的监管平台中。
目前，医院的大数据应用有两大方向，其一是自身的信息化改造，基础架构向云计算转变，云计算是大数据的技术基础，它使大数据的搜索、处理和分析成为可能；其二是通过外部合作提升数据应用的价值和效率，例如医院和阿里巴巴等互联网企业的合作等。最终形成信息管理向数据集成平台以及终端多样化的转变。
健康医疗大数据是国家重要的基础性战略资源。健康医疗大数据的安全关系到国家战略安全、国家生物安全、人民生命安全和公民个人隐私安全。从安全管控角度，对相关数据中心的安全管理和个人健康医疗数据的隐私保护，将决定着我国健康医疗大数据应用发展的未来。“互联网+医疗健康”企业将持续面临巨大的数据合规挑战。
医疗领域本身具有极强专业性和敏感性，且医疗行业一直以来受政府高度监管，行业参与壁垒较高，相关的各方的利益关系也是错综复杂，对企业的行业资源有着极高的要求。此外，数据的输出规格和采集工具都缺乏统一的标准和规范导致数据质量难以把握，企业想要得到高质量的医疗数据往往需要付出更高的成本。
