生物技术在环境的检测方面起到提高检测效率、增加检测方法等。生物技术在环境的检测方面的应用事例有如下几个：生物酶技术、金标免疫速测技术、FCR技术、生物发光检测技术、生物芯片技术和生物传感器。其中生物芯片技术和生物传感器应用最为广泛。
生物芯片是将生命科学研究中所涉及的不连续的分析过程如样品制备、化学反应和分析检测，利用微电子、微机械、化学、物理技术、计算机技术在固体芯片表 面构建的微流体分析单元和系统，使之连续化、集成化、微型化。生物芯片技术有四大要点：芯片方阵的构建、样品的制备、生物分子反应和信号的检测。生物芯片的成熟和应用一方面将为本世纪的疾病诊断和治疗、新药开发、分子生物学、航空航天、司法鉴定、食品卫生和环境监测等领域带来一场革命；另一方面生物芯片的出现为人类提供了能够对个体生物信息进行高速、并行采集和分析的强有力的技术手段，故必将成为未来生物信息学研究中的一个重要信息采集和处理平台。在环境保护上，基因芯片也有广泛的用途，一方面可以快速检测污染微生物或有机化合物对环境、人体、动植物的污染和危害，同时还可用于农业、商检、司法等领域的实用化芯片的开发。
生物传感器是一种将生物敏感元件和物理元件相结合制成的分析仪器。其基本原理是将生物敏感元件发生的特异性反应及信号经由物理元件转变为光、电、声等易检测信号，从而间接地获知待测物的有关信息。生物传感器在环境检测中的具体应用有BOD生物传感器测定水环境、微生物传感器快速测定酚、阴离子表面活性剂传感器测定LAS浓度、硝酸盐微生物传感器测定水体硝酸盐、微生物传感器测定大气各组分、残留有毒有害物的检测和污染物急性毒性的检测等等。